（1）发酵食品
对于多菌种发酵体系，通过中试平台模拟多菌种发酵过程，建立基于混菌种发酵的基因组学控制，不同阶段优势微生物代谢的多菌种食品发酵工程技术；对于纯种食品发酵体系，建立基于微生物代谢组学和转录组学指导发酵食品发酵过程的工程技术。开发不同风味、不同营养功能的发酵食品
（2）粮油加工
以粮食与油脂为研究对象，有机融合工、理、农、医等多领域相关学科的研究特点，形成以粮油为基料，采用高新技术进行深度理论和应用研究的特色。主要应用现代技术开发系列粮油及植物蛋白制品，功能性碳水化合物和蛋白质等成分的化学与工程研究，以及从分子和细胞水平研究粮油中的功能成分对人体健康的调控效果及机理。
（3）畜产品加工
对动物源性产品（肉蛋奶羽骨血内脏）的开发和深加工，以及对功能活性物质的提取加工和机理研究。研究团队由国内外动物资源领域知名专家学者组成，在动物源性功能食品、功能因子与机体免疫调控等研究方向，走在国内外领先的行列。
（4）果蔬加工
主要针对果蔬采后保鲜工艺与低温物流技术研究与产业化；果蔬贮运过程中病害早期分子诊断和生物抑菌剂的开发；功能高分子保鲜材料和纳米防霉保鲜剂的研究；果蔬深加工技术以及制品品质控制研究。
